Poslanstvo FIDES je usmerjeno v prizadevanja za evropsko primerljiv zdravstveni sistem, v katerem bomo zdravniki in zobozdravniki prepoznani kot odgovorni nosilci zdravstvene dejavnosti, kar v prvi vrsti pomeni, da bomo imeli zagotovljene pogoje za uresničevanje našega temeljnega poslanstva in sicer pogoje za varno in strokovno delo po standardih in normativih kot so zapisani v Modri knjigi standardov in normativov. V FIDES-u že leta opozarjamo na nujnost zdravstvene reforme in sistemskih sprememb, ki so predpogoj za tak zdravstveni sistem, v katerem bo zagotovljeno spoštovanje pacientovih pravic in dostojanstvo zdravniškega poklica. Zdravniki in zobozdravniki upravičeno pričakujemo, da bomo za svoje delo pošteno nagrajeni. Rešitev vidimo v izločitvi zdravnikov in zobozdravnikov iz enotnega sistema plač v javnem sektorju, ter v sodobni, evropsko naravnani kolektivni pogodbi za zdravnike in zobozdravnike, v kateri se bodo prepoznali zlasti mladi zdravniki in zobozdravniki, ki so v ospredju naših prizadevanj, pa tudi izjemni strokovnjaki, ki jih zaradi togosti enotnega plačnega sistema, katerega del smo žal tudi zdravniki, ne moremo posebej nagraditi.
Tem usmeritvam in ciljem delovanja FIDES-a sledijo tudi sklepi zadnjih letnih konferenc FIDES.
FIDES zagotavlja:
- pravno varstvo svojim članom pri uveljavljanju pravic iz dela in delovnega razmerja v skladu s Statutom, v okviru veljavne zakonodaje in podzakonskih aktov;
-zaščito v obliki solidarnostne pomoči ter kolektivno nezgodno zavarovanje za primer nezgode. FIDES ščiti tudi nezaposlene zdravnike, ki so oproščeni plačevanja članarine in zlasti tudi mladim pri iskanju zaposlitve in reševanju drugih težav v času specializacije;
-pomoč svojim članom, ki se znajdejo pred strokovnimi, etičnimi in drugimi dilemami in psihičnimi stiskami.